ساکنان اصلی السالوادور قبایل بومی آمریکا در Pocomames ، Lencas و Pipils بودند.
اسپانیایی ها اولین اروپایی هایی بودند که از منطقه السالوادور بازدید کردند. دریاسالار اسپانیایی آندرس نینو بود که برای اولین بار در سال 1522 وارد شد. چند سال بعد فداتور پدرو دو آلوارادو و برادرش گونزالو وارد آنجا شدند. آنها منطقه را فتح کردند و به زودی روستای سان سالوادور تأسیس شد.
این منطقه برای سالها تحت حکومت اسپانیا باقی می ماند تا اینکه 1811 هنگامی که کشیشی به نام خوزه ماتیاس دلگادو به رهبری شورشی علیه اسپانیا کمک کرد. السالوادور همراه با سایر استانهای آمریکای مرکزی ، استقلال خود را در سال 1821 اعلام کرد.
بیشتر تاریخ السالوادور از آن زمان تاکنون با جنگ داخلی و ناآرامی همراه بوده است. جنگ داخلی در دهه 1980 کشور را از هم پاشید و افراد زیادی کشته شدند. در سال 1992 صلح با شورشیان برقرار شد و سطحی از دموکراسی برقرار شد.